Η Εθνική Επιτροπή Βιοηθικής ασκούσε αποκλειστικά συμβουλευτικές αρμοδιότητες, απευθυνόμενη, είτε με δική της πρωτοβουλία είτε εφόσον της είχε ζητηθεί, προς οποιοδήποτε όργανο της Πολιτείας. Αποστολή της ήταν η ανάδειξη της στενής σύνδεσης των εφαρμογών των βιολογικών επιστημών με τις σύγχρονες κοινωνικές αξίες. Αναγκαία στοιχεία αυτής της αποστολής ήταν τόσο η έγκυρη ενημέρωση των πολιτών, όσο και η κατάλληλη υποστήριξη των συναφών κρατικών πολιτικών.

Στο πλαίσιο αυτό, η Επιτροπή παρακολουθούσε και επεξεργαζόταν τα ηθικά, κοινωνικά και νομικά ζητήματα που προκύπτουν από την διαρκή εξέλιξη της βιολογίας, της βιοϊατρικής, της γενετικής και της βιοτεχνολογίας, εκδίδοντας σχετικές εισηγήσεις. Συνεργάζόταν, επίσης, με αρμόδιους φορείς στη χώρα μας και διατύπωνε προτάσεις για τη θέσπιση νομοθεσίας ή τη λήψη άλλων μέτρων πολιτικής από την πλευρά της Πολιτείας. Συνεργαζόταν εξάλλου με αρμόδιους φορείς σε διεθνές επίπεδο (όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, διεθνείς οργανισμούς, ομόλογές της επιτροπές κ.λπ.), μεριμνώντας για την ενεργό συμμετοχή της χώρας μας στον προβληματισμό και στη λήψη αποφάσεων στα διεθνή fora. Εξασφάλιζε, επίσης, με κάθε πρόσφορο τρόπο, κατάλληλη ενημέρωση για τις εξελίξεις που αφορούν το αντικείμενο της βιοηθικής στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.

Η Επιτροπή, τέλος, είχε την αρμοδιότητα του συντονισμού των επιμέρους κρατικών επιτροπών βιοηθικής της χώρας μας, που δραστηριοποιούνται σε ειδικούς τομείς.

Οι αρμοδιότητες αυτές, καθώς και οι άλλοι όροι λειτουργίας της Επιτροπής προβλέφθηκαν  στον ιδρυτικό νόμο και τον κανονισμό της. Η οικονομική και διοικητική υποστήριξή της εξασφαλιζόταν από τη Γενική Γραμματεία της Κυβέρνησης.